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【SQL】100本ノックをM1Macで進めたい
やること
SQL100本ノックの環境構築を行う。
環境
PC
MacBook Pro (13-inch, M1, 2020)
Apple M1
MacOS Monterey 12.2.1
Docker
Version : 4.15.0 (93002)
Engine : 20.10.21
Compose : v2.13.0
対象読者
- SQL100本ノックをやりたい
- 使用しているPCがM1Mac
- SQL100本ノックに出てくる手順通りに環境構築を進めたがエラーで進まない
私の環境で起こったことです。どなたかの参考になれば。
途中、Rの依存パッケージインストールをすっ飛ばしますが、
Python or SQLしか使用していない現在は問題なく動いています。
環境構築手順
1. Terminalで実行
まずはSQL100本ノックのInstall通りに実行します。
？？？「あれれ〜おかしいぞぉ〜？」
こんなエラーが出てコケました。
> [2/6] RUN mamba install --quiet --yes r-themis==0.1.4 r-rpostgresql==0.6_2 && find / -type f -perm /u+s -ignore_readdir_race -exec chmod u-s {} ; && find / -type f -perm /g+s -ignore_readdir_race -exec chmod g-s {} ;:
#0 6.519 Encountered problems while solving:
#0 6.519 - nothing provides requested r-rpostgresql 0.6_2
#0 6.519 - nothing provides r-rann needed by r-themis-0.1.4-r40hc72bb7e_0
#0 6.519requirement満たしてるのに・・・
Apple M1チップ搭載のMacの場合は Docker Desktop 4.4.2 以降
と言ってても進まないので。
2. DockerfileとDocker-compose.ymlの修正
結論、各ファイルを以下のように修正します。
Dockerfile
パス
100knocks-preprocess-master/dockerfiles/notebook/Dockerfile
変更点
- 6〜9行目をコメントアウト
- 16,17行目を追加
- 19行目をコメントアウトし、20行目の記載に変更
- 21行目をコメントアウト
FROM jupyter/datascience-notebook:python-3.10.6
#FROM jupyter/datascience-notebook:d53a302fbcd0
USER root
# mambaでR依存パッケージをインストール
#RUN mamba install --quiet --yes r-themis==0.1.4 r-rpostgresql==0.6_2 \
#RUN mamba install --quiet --yes r-base==3.5 r-themis==0.1.1 r-rpostgresql \
# && find / -type f -perm /u+s -ignore_readdir_race -exec chmod u-s {} \; \
# && find / -type f -perm /g+s -ignore_readdir_race -exec chmod g-s {} \;
USER jovyan
WORKDIR /home/jovyan
COPY Pipfile .
COPY Pipfile.lock .
RUN pip install --upgrade pip \
&& pip install ipython-sql
#RUN pip install --no-cache-dir pipenv==2021.5.29 \
RUN pip install --no-cache-dir psycopg2-binary \
# &&pipenv install --system \
&& rm -rf Pipfile* /tmp/* /var/tmp/*
HEALTHCHECK --interval=5s --retries=20 CMD ["curl", "-s", "-S", "-o", "/dev/null", "http://localhost:8888"]docker-compose.yml
パス
100knocks-preprocess-master/docker-compose.yml
変更点
- 18行目の追加
POSTGRES_HOST_AUTH_METHOD=trust
SQLSTATE[08006] [7] SCRAM authentication requires libpq version 10 or above
追加せずにdocker composeすると出るので対応です。
こちら参照させていただきました。
version: "3.8"
services:
db:
build:
context: .
dockerfile: dockerfiles/postgres/Dockerfile
image: dss-postgres
container_name: dss-postgres
ports:
- "5432:5432"
environment:
- POSTGRES_USER=postgres
- POSTGRES_PASSWORD=postgres12345
- PGPASSWORD=postgres12345
- POSTGRES_DB=dsdojo_db
- DATABASE_HOST=localhost
- POSTGRES_HOST_AUTH_METHOD=trust
volumes:
- ./docker/db/init:/docker-entrypoint-initdb.d
- ./docker/work/data:/tmp/data
notebook:
build:
context: .
dockerfile: dockerfiles/notebook/Dockerfile
image: dss-notebook
container_name: dss-notebook
ports:
- "8888:8888"
environment:
- PG_PORT=5432
- PG_USER=padawan
- PG_PASSWORD=padawan12345
- PG_DATABASE=dsdojo_db
- JUPYTER_ENABLE_LAB=yes
depends_on:
db:
condition: service_healthy
volumes:
- ./docker/doc:/home/jovyan/doc
- ./docker/work:/home/jovyan/work
command: start-notebook.sh --NotebookApp.token=''3.再度立ち上げる！
ここまで来たら再度「1.Terminalで実行」の手順に従って進めます。
きっとこうなるはず
[+] Running 3/3
⠿ Network 100knocks-preprocess-master_default Created
⠿ Container dss-postgres Healthy
⠿ Container dss-notebook Started無事に上記のメッセージが返ってきたら、
ブラウザにlocalhost:8888と打ち込んでjupyter labの画面を出しましょう。
4. もう一箇所・・・
SQL用ファイルの一番初めのセルがこうなっています。
%load_ext sql
import os
pgconfig = {
'host': 'db',
'port': os.environ['PG_PORT'],
'database': os.environ['PG_DATABASE'],
'user': os.environ['PG_USER'],
'password': os.environ['PG_PASSWORD'],
}
dsl = 'postgres://{user}:{password}@{host}:{port}/{database}'.format(**pgconfig)
# MagicコマンドでSQLを書くための設定
%sql $dslこのまま実行すると以下のエラーになるので
The sql extension is already loaded. To reload it, use:
%reload_ext sql
Connection info needed in SQLAlchemy format, example:
postgresql://username:password@hostname/dbname
or an existing connection: dict_keys(['postgresql://padawan:***@db:5432/dsdojo_db'])
Can't load plugin: sqlalchemy.dialects:postgres
Connection info needed in SQLAlchemy format, example:
postgresql://username:password@hostname/dbname
or an existing connection: dict_keys(['postgresql://padawan:***@db:5432/dsdojo_db'])
dsl = の部分を修正します。
- dsl = 'postgres://{user}:{password}@{host}:{port}/{database}'.format(**pgconfig)
+ dsl = 'postgresql://{user}:{password}@{host}:{port}/{database}'.format(**pgconfig)完了！
以上の手順で解決したので備忘として残しておきます。
M1Macってしんどいこと多いな・・
ちなみに
2017IntelシリコンのMacBookProだと全く問題なく環境構築終わりました。
意地でもM1Macで動かしたいよわよわエンジニアの四方山話でした。